Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H) (F/H)
75005, Paris, France
Environnement et contexte de travail
Notre établissement fait partie de l'Université PSL. Située au cœur de Paris, celle-ci fait dialoguer tous les domaines du savoir, de l'innovation et de la création. Classée parmi les 50 premières universités mondiales, elle forme au plus près de la recherche des chercheurs, artistes, ingénieurs, entrepreneurs ou dirigeants conscients de leur responsabilité sociale, individuelle et collective.
Structure d'accueil
Le Centre de recherche de l’Institut Curie
Premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, l'Institut Curie associe un centre de recherche de renommée internationale et un hôpital de pointe. Il offre un environnement d’excellence, où les expertises se mêlent autour de valeurs communes : bienveillance, humanité, ouverture, partage, efficacité, innovation, solidarité et engagement.
Missions
Activités principales
Laboratoire - Service
L’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l’unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l’Institut Curie.
Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l’ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l’intégration d’analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d’un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l’Institut Curie.
Missions
Description des activités
Analyse transcriptomique
Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l’équipe.
Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.
Biostatistique et biomarqueurs
Corréler profils moléculaires et données cliniques à l’aide de modèles statistiques adaptés
Optimiser et valider des signatures pronostiques.
Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.
Gestion des données et valorisation
Développer des pipelines reproductibles et documentés.
Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.
Spécificités du poste
- Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.
Profil du candidat
Savoirs et compétences attendus
Formation et expérience
- Niveau et diplômes : Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe ; ou doctorat dans l'un de ces domaines, notamment en analyse transcriptomique.
- Expérience professionnelle : au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq.
- Connaissances attendues : RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique ; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot ; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer ;
- Atouts : déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies.
Compétences et qualités requises
- Compétences informatiques : maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix ; usage courant de Git ; travail sur cluster de calcul (SLURM) ; gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity).
- Compétences linguistiques : anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable.
- Aptitudes : rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif
Informations sur le contrat
Type de contrat : CDD, niveau ingénieur d'études ou ingénieur de recherche selon le profil
Date de démarrage : dès que possible
Durée du contrat : 18 mois, renouvelable
Temps de travail : temps complet, 39 h par semaine
Rémunération annuelle : de32480€ to 39459€ selon les grilles en vigueur
Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
Localisation du poste : Paris
Contact
Pour postuler, merci d’envoyer CV et lettre de motivation : 18/10/2026
Date de publication : 18/10/2026
Date limite des candidatures : dès que pourvu
Fidèle à l’héritage de sa fondatrice, l’Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l’égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Convaincus que la diversité des profils et des parcours enrichit nos équipes et nourrit l’excellence de nos missions, nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. Nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.
https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf
Diplôme et expérience professionnelle
Bac+5, Bac+6 et plusNon discrimination, ouverture et transparence
Notre établissement, comme l'ensemble de l'Université PSL, s’engage à soutenir et promouvoir l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de ses communautés. Nous encourageons les candidatures issues de profils variés, que nous veillerons à sélectionner via un processus de recrutement ouvert et transparent.
Contact
yj3svrz2y85k@emploi.beetween.com
Autres informations
Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H) (F/H)
| Localisation du poste 75005, Paris, France |
|---|
| Établissement Institut Curie |
Environnement et contexte de travail
Notre établissement fait partie de l'Université PSL. Située au cœur de Paris, celle-ci fait dialoguer tous les domaines du savoir, de l'innovation et de la création. Classée parmi les 50 premières universités mondiales, elle forme au plus près de la recherche des chercheurs, artistes, ingénieurs, entrepreneurs ou dirigeants conscients de leur responsabilité sociale, individuelle et collective.
Structure d'accueil
Le Centre de recherche de l’Institut Curie
Premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, l'Institut Curie associe un centre de recherche de renommée internationale et un hôpital de pointe. Il offre un environnement d’excellence, où les expertises se mêlent autour de valeurs communes : bienveillance, humanité, ouverture, partage, efficacité, innovation, solidarité et engagement.
Missions
Activités principales
Laboratoire - Service
L’équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l’unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l’Institut Curie.
Le poste s’inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l’ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l’intégration d’analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d’un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l’Institut Curie.
Missions
Description des activités
Analyse transcriptomique
Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l’équipe.
Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.
Biostatistique et biomarqueurs
Corréler profils moléculaires et données cliniques à l’aide de modèles statistiques adaptés
Optimiser et valider des signatures pronostiques.
Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.
Gestion des données et valorisation
Développer des pipelines reproductibles et documentés.
Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.
Spécificités du poste
- Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.
Profil du candidat
Savoirs et compétences attendus
Formation et expérience
- Niveau et diplômes : Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe ; ou doctorat dans l'un de ces domaines, notamment en analyse transcriptomique.
- Expérience professionnelle : au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq.
- Connaissances attendues : RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique ; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot ; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer ;
- Atouts : déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies.
Compétences et qualités requises
- Compétences informatiques : maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix ; usage courant de Git ; travail sur cluster de calcul (SLURM) ; gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity).
- Compétences linguistiques : anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable.
- Aptitudes : rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif
Informations sur le contrat
Type de contrat : CDD, niveau ingénieur d'études ou ingénieur de recherche selon le profil
Date de démarrage : dès que possible
Durée du contrat : 18 mois, renouvelable
Temps de travail : temps complet, 39 h par semaine
Rémunération annuelle : de32480€ to 39459€ selon les grilles en vigueur
Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
Localisation du poste : Paris
Contact
Pour postuler, merci d’envoyer CV et lettre de motivation : 18/10/2026
Date de publication : 18/10/2026
Date limite des candidatures : dès que pourvu
Fidèle à l’héritage de sa fondatrice, l’Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l’égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Convaincus que la diversité des profils et des parcours enrichit nos équipes et nourrit l’excellence de nos missions, nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. Nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.
https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf
Diplôme et expérience professionnelle
Bac+5, Bac+6 et plusNon discrimination, ouverture et transparence
Notre établissement, comme l'ensemble de l'Université PSL, s’engage à soutenir et promouvoir l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de ses communautés. Nous encourageons les candidatures issues de profils variés, que nous veillerons à sélectionner via un processus de recrutement ouvert et transparent.
Contact
yj3svrz2y85k@emploi.beetween.com
Autres informations
| Référence yj3svrz2y8 |
|---|
L'Université PSL (Paris Sciences & Lettres)
